Молекулярная динамика позволяет
рассчитать будущее системы, зная её начальное состояние и взаимодейсвия действующие внутри неё. В случае с крупными микробиологическими системами, такие как липидные мембраны, во многих задачах знание движений всех атомов представляется излишним. Чтобы не трарить вычислительную мощность впустую, систему разбивают на более крупные зёрна, скажем по 3-6 атомов в каждом.